O local em que se instalou o MAE corresponde aos vestígios arquitetônicos do que foi o amplo e complexo edifício do Real Colégio dos Jesuítas, que incluía a atual Catedral Basílica. Construído, em sua maior parte, no século XVI, este exemplar único de arquitetura seiscentista/setecentista serviu como hospital militar após, a expulsão dos Jesuítas (1759), e mais tarde, ai se instalou a Escola de Cirurgia, fundada por Dom João VI, à sua chegada ao Brasil. Este conjunto arquitetônico foi modificado, em grande parte, inclusive com demolições, para se edificar um novo prédio, no final do século XIX. Após o incêndio ocorrido em 1905 as modificações arquitetônicas feitas por ocasião da reconstrução do prédio foram profundas, voltando este a abrigar a Faculdade de Medicina após a conclusão da reforma.
